某原油管道工程于2009年4月完成，准备进行竣工环境保护验收。原油管道工程全长395km，管线穿越区域为丘陵地区，土地利用类型主要为园地、耕地、林地和其他的土地，植被覆盖率为30%。管道设计压力10.0MPa，管径457mm，采用加热密闭输送工艺，设计最大输油量5.0xt/a，沿线共设站场6座，分别为首末站及4个加热泵站。管道以沟埋放置方式为主，管顶最小埋深1.0m，施工作业带宽度16m，批准的临时占地588.4h（其中耕地84.7h，林地21.2h），永久占地49.2h（其中耕地7.1h），环评批复中要求：穿越林区的4km线段占用林地控制在6.2h，应加强生态恢复措施；穿越耕地线段的耕作层表土应分层开挖分层回填，工程建设实施工程环境监理。竣工验收调查单位当年8月进行调查，基本情况如下：项目建设过程中实施了工程环境监理，临时占用耕地大部分进行了复垦，其余耕地恢复为灌木林地。对批准永久占用的耕地进行了占补平衡，有关耕地的调查情况见下表。管道穿越林区4km线段，占用林地7.1h，采用当地物种灌草结合对施工作业段进行了植被恢复，植被覆盖率20%，有5km管道线路段发生了变更，主要占地类型由原来的林地变为园地和其他土地。

问题

指出竣工环境保护验收调查中反映的生态问题。