某高校拟建造一栋职工住宅楼，采用招投标方式选中德明建筑公司为施工单位。双方签订的施工合同协议条款摘要如下：
1.工程概况
1.1工程名称：某高校职工住宅楼工程内容：砖混结构住宅楼，建筑面积4570平方米。
工程范围：某建筑设计院设计的施工图纸所包括的土建、装饰、水电工程。
1.4合同价款：合同总价为365.5万元，按每平米建筑面积800元包干。
1.5合同价款风险范围：当工程变更、材料价格涨落等因素造成工程造价增减幅度不超过合同总价的15%时，合同总价不予调整。
19工程价款调整
19.1调整条件：建筑面积增减变化。
19.2调整方式：按实际竣工建筑面积和每平米建筑面积800元包干调整。
在上述施工合同协议条款签订后，双方又接着签订了补充施工合同协议条款。摘要如下：
补1.木门窗均用水曲柳包门窗套。
补2.铝合金窗90型系列改用60型系列某铝合金厂家产品。
补3.挑阳台均采用60型系列某铝合金厂家产品封闭。如果执行上述合同会发生哪些工程合同纠纷？应该如何处理？