某修配厂与某研究所签订了一份技术转让合同。合同中规定：因本合同发生的一切争议应提交A市仲裁委员会仲裁，或者向合同双方所在地及A市仲裁委员会所在地的A市B区人民法院提起诉讼。合同履行过程中。修配厂认为该项技术存在缺陷，双方发生争议。修配厂据此向A仲裁委员会申请仲裁，双方当事人均未选定仲裁员，共同委托仲裁委员会主任丁指定仲裁员组成仲裁庭。丁于是指定了甲、乙、丙3名仲裁员。修配厂认为甲与研究所有利害关系，申请其回避。首席仲裁员丙审查后确认申请理由不实，决定甲不予网避。修配厂要求公开审理，研究所则不同意，仲裁庭根据案情，决定公开审理。研究所对此不服，仲裁庭经过研究．又决定不公开审理。研究所在开庭期间未经仲裁庭许可中途退庭，仲裁庭因此决定中止仲裁程序。一周后研究所表示愿意出庭，仲裁庭决定再次开庭。开庭前仲裁委员指定某机构对该项技术进行了鉴定。但始终未告知当事人鉴定报告的内容，只由仲裁庭内部掌握和参考。裁决作出后，修配厂以仲裁员甲在仲裁该案件时应予回避而未回避为由，向A市中级人民法院申请撤销裁决。问题：根据以E的情况介绍，指出仲裁协议、仲裁庭、仲裁员以及仲裁程序存在哪些法律上的问题，并说明理由或正确的做法。